מה מברכים על קידוש השם? האם מותר לאכול בשר אדם? האם מותר למסור יהודים נכים זקנים וחולים לגסטאפו תמורת הבטחה להציל אחרים? הרבנים בתקופת השואה ניצבו בפני דילמות הלכתיות קשות וחסרות תקדים המעידות כי גם בתוך התופת ביקשו היהודים דבר אחד: לנהוג כהלכה
מאורעות השואה הציבו בפני יהודים רבים שאלות הלכתיות כבדות מנשוא. יהודים רבים מכל הזרמים, ללא קשר לרמתם הדתית, ביקשו הדרכה דתית ומוסרית ממורי ההוראה בתקופתם, והציבו בפניהם שאלות נוראות ומצמררות שטרם נראו כמותם בספרות ההלכתית.
בספרו 'אותיות של אש'- עדויות מתקופת השואה בספרות הלכתית, כותב איתמר לוין, כי הקושי שעמד בפני הרבנים היה ההכרח לפסוק מבלי אפשרות להתייעץ, בלי ספרים ומראי מקומות. ויותר מכך, מעט מאוד בהשכלה ובידע שצברו הרבנים במהלך חייהם הכשירו אותם להתמודד עם השאלות הקשות: כיצד יש לנהוג בתינוק שזה עתה נולד, ושבכיו עלול להסגיר את הבונקר בו מצטופפים יהודים נפחדים? האם מותר לרכוש תעודת זהות מזויפת על מנת להתחזות לנוצרי? האם להתאבד כדי לא להסגיר יהודים או לשתף פעולה כדי להציל מעטים? מה מברכים על מאכלי טריפה? האם יושבי הגטו יכולים לברך שלא עשני עבד? כיצד ניתן לשמור את חג הפסח כאשר המזון היחיד שניתן להשיג הוא חמץ?
הרבנים ששרדו את התופת, תיעדו לאחר השואה את השאלות הקשות בספרי ההלכה שכתבו, ספרים שהפכו עם השנים לעדויות היסטוריות נדירות מכלי ראשון – על אירועי השואה. הרב מנחם זלמנוביץ מגטו וילנה כתב: "אינני יודע מה רוצה ממני קומנדט הגטו מר גנס. הוא בא ושואלני: האם מותר למסור יהודים נכים זקנים וחולים לגסטאפו תמורת הבטחה שעל ידי זה יחוסו על יהודי הגטו? הוא רוצה ממני היתר למסור יהודים להורג כדי להציל אחרים, צעירים ובריאים הנמצאים בגטו. אמרתי לו: איך תבקש ממני להתיר דבר שאסרה התורה? האינך יודע שאין להבדיל בין דם לדם, בין זקן לצעיר? הבאתי לפני את דברי הפוסקים והרמב"ם והאחרונים והוא בשלו: היתר הוא מבקש. אינני מבין על שום מה בכלל נחוץ לו היתר האם בלעדיו לא יוכל לבצע את מה שהוא רוצה? הבנתי שמצפונו אינו נותן לו מנוח וברצונו להשקיטו".
הרב יהושע משה אהרונסון, רב העיירה סאנוק בפולין כתב בזיכרונותיו: "פנה אליי אחד מידידי בשאלתו, להיות שאצלו הרגעים האחרונים כי מרגיש אפיסת הכוחות מסיבת הרעה ורק עצה אחת עלתה ברעיונו להציל חיותו והוא: לחתוך חתיכת בשר מגוף אדם מת ולאוכלו להשיב נפש… עוד נשמתי בי טרם יצאה מרעב ושברון הלב ונבהלתי למשמע אוזניי, התחלתי לבכות ונהמתי מקירות ליבי ריבונו של עולם קח את נפשי ואל תביאני למדרגה נמוכה זו חס וחלילה". הרב אהרונסון השיב לידידו כי מדין פיקוח נפש אפשר שהדבר מותר אבל הוא חושש כי היתר שכזה יביא לידי רציחה.
הרב אפרים אשרי, שהיה רבה של קובנה, כתב בספרו ממעמקים על שאלה שהגיעה אליו מאדם בשם "ר' אליהו מוורשה" הי"ד: "מהו נוסח הברכה של מקדשי שמו יתברך מוטל לברך לפני מותם? והוא אמר לי כי הוא רוצה לדעת בעצמו איך יברך אם חס וחלילה יגיע לידי כך, ומלבד זאת הוא רוצה לקיים מצווה, אולי האחרונה בימי חייו, והיא לעבור בין הפקודים למוות וללמדם כדת מה לעשות אם תגיע שעתם האחרונה ולזכותם שיברכו את הברכה כפי הדין. התשובה: "אשר קידשנו במצוותיו וציוונו לקדש שמו ברבים".