בעקבות תמיכת מועצת החכמים של ש"ס במועמד לרבנות ירושלים הרב שלמה עמאר מספר חברים בגוף הבוחר מהציונות הדתית החליטו להעביר את תמיכתם לרב שמואל אליהו מאחר שאינם יכולים להביע תמיכה במועמד מטעם מפלגת ש"ס.
בראיון לגיל קלנר באתר 'סרוגים' אמר הרב שמואל אליהו כי "גברת לבני מייצגת את הקצה השמאלי בממשלה, והיא עוברת על החוק בכך שהיא משתמשת בתפקידה כשרת המשפטים לבטא עמדות פוליטיות. אנחנו מקווים שההתנגדות הזאת תביא להשפעה חיובית בגוף הבוחר. הם אנשים דעתניים.
לדבריו "אני שמח להיות המועמד הרשמי של הגוף החרדי, אבל עיקר גדול של הגוף הבוחר של הציונות הדתית תומך בי. נכון שבנהגה הייתה כוונה לתמוך ברב עמאר, אבל בסופו של דבר יש חלק גדול מהגוף הבוחר שתומך בי".
