למרות הכחשות לשכת נתניהו, הרשות הפלסטינית מעורבת באופן פעיל בניהול מעבר רפיח. לפי דיווחים פלסטיניים שהובאו באתר Ynet, פארס א-ריפי - קצין משטרה לשעבר מעזה ואיש פת"ח - מונה לנהל את נקודת המשטרה במעבר. הכוח במקום כולל תשעה שוטרים, כולם בעלי ניסיון קודם במעברי הגבול של הרצועה.
עוד על פי הדיווח, בשבועות האחרונים התקיימו מגעים אינטנסיביים בין אנשי הרשות והמודיעין המצרי לבין גורמי צה"ל, המינהל האזרחי, מתאם פעולות הממשלה והשב"כ בקהיר, במטרה להסדיר את שיתוף הפעולה במעבר. יועצו של אבו מאזן, מחמוד אל-הבאש, מסר כי המעבר ינוהל בהתאם להסכם משנת 2005 בין ישראל לרש"פ, המסדיר את ניהול המעבר על-ידי הרשות בשיתוף מצרים ובפיקוח האיחוד האירופי.
בתגובה חריפה לפרסומים, יו"ר עוצמה יהודית ח"כ איתמר בן גביר תקף: "ממשלת ישראל ממשיכה להפר את ההבטחות והעקרונות עליהן הצהירה וזאת במסגרת העסקה המופקרת. ראש הממשלה הדגיש אין ספור פעמים שלא ייתן לרשות לנהל המעבר ומדובר בסיכון ביטחוני, אך לצערי גם בנושא זה הוא מתקפל". לדבריו, "הממשלה מאפשרת לרשות הפלסטינית – זו שמחלקת משכורות למחבלים – לשלוט בשער של עזה, עד לאיזה תחתית נגיע???"
