מסמכים מודיעיניים שה-CIA התיר לפרסום חושפים כי כבר בספטמבר 1998, כמעט שלוש שנים לפני פיגועי 11 בספטמבר, הוזהר ממשלו של הנשיא ביל קלינטון מפני אפשרות שארגון אל־קאעידה יטיס מטוס עמוס חומרי נפץ לתוך עיר אמריקנית. ההתרעה נכללה בתדריך מ-10 בספטמבר 1998 שכותרתו "מיקומו וכוונותיו של בן לאדן", זמן קצר לאחר הפיגועים בשגרירויות ארצות הברית בקניה ובטנזניה.
בתדריך הודגש כי בידי המודיעין לא היה מידע חד־משמעי על היעד או על שיטת הפעולה שבה יבחר אוסמה בן לאדן, אך הוערך כי האפשרות המועדפת עליו היא תקיפה על אדמת ארצות הברית, ובייחוד בוושינגטון. בשורה הבאה נכתב כי הארגון שהיה אחראי לפיגועים באפריקה "עשוי להטיס מטוס עמוס חומרי נפץ לתוך עיר בארצות הברית". עם זאת, המסמך לא הציג תוכנית קונקרטית הזהה למתקפת 11 בספטמבר, לא נקב במועד ולא זיהה מטרות או מבצעים מסוימים.
מסמך נוסף, מ-4 בדצמבר 1998, קבע כי פעיל בכיר של בן לאדן מסעודיה צפוי להגיע לארצות הברית כדי להיפגש עם אנשי ארגון הטרור המצרי אל־גמאעה אל־אסלאמיה ולדון בפעולות אפשריות, "אולי לרבות חטיפת מטוס". בדיווח אחר נטען כי שניים מחברי חוליית הביצוע הצליחו לעבור בדיקות ביטחוניות במהלך ניסוי מקדים בנמל תעופה לא מזוהה בניו יורק. המסמך לא ייחס לממשלת סעודיה מעורבות בפעילות.
עוד באתר:
התדריכים מפרטים גם איומים על ישראל. בהערכת מודיעין מ-9 במרץ 2000 נכתב כי חוליה אחת לפחות של בן לאדן, שמנתה שניים עד שלושה פעילים, פעלה בתוך ישראל ותכננה פיגועים נגד אינטרסים ישראליים מחוץ למדינה. מנשר שנתפס הציע לפגוע תחילה באתרים סמליים, בהם פסל החירות ומגדל אייפל, בלי לגרום לאבדות; לחלופין הוזכרו מטרות מאוכלסות ורגישות, ובהן גורדי שחקים, נמלי תעופה ותחנות כוח גרעיניות.
ראש ה-CIA ג'ון רטקליף אישר לפרסם 71 תדריכי מודיעין נשיאותיים, הכוללים יותר מ-100 עמודי ניתוח, לציון 25 שנים לפיגועי 11 בספטמבר. לדברי הסוכנות, זהו המקבץ הגדול ביותר של תדריכים יומיים מסווגים ששוחרר בנושא.
דוח שנכתב שעות לאחר הפיגועים ציין כי בן לאדן אמר למנהיג הטליבאן, מולה מוחמד עומאר, שמתבצעות פעולות שיגרמו לארצות הברית "נזק גדול". רטקליף הגדיר את הפרסום "מעשה של שקיפות יוצאת דופן" שנועד לכבד את זכר הנרצחים. המסמכים מלמדים על הצטברות התרעות חמורות, אך אינם מוכיחים כי הממשל ידע מראש את התוכנית המדויקת של פיגועי 11 בספטמבר.
