התפתחות התורנית בשכונת 'הר חומה' בירושלים נמשכת במלוא עוזה, כחלק מהמהפכה התורנית שמוביל נשיא מוסדות 'כאייל תערוג' הגאון רבי אייל עמרמי שליט"א. בראש חודש אלול, החלו הלימודים בישיבה הקטנה של המוסדות ישיבת 'אמרי שפר'. מתוך כ-70 תלמידים שביקשו להתקבל לישיבה, התקבלו 22 תלמידים מצוינים לשיעור א' שהתווספו לתלמידים הוותיקים בישיבה. את דרכה החינוכית של הישיבה מתווה נשיא המוסדות הגאון רבי אייל עמרמי שליט"א. לתפקיד ראש הישיבה נתמנה הגאון רבי יצחק כהן שליט"א, שידיו רב לו בהפצת תורה ולימוד התורה לבני הישיבות.
ישיבת 'אמרי שפר' זכתה לשבחים רבים מצד אישי חינוך שסיירו בישיבה. הרב יוסף ניאזוף מנהל מחלקת הרישום לישיבות ברשת 'בני יוסף' שסייר בעבר בישיבה אמר לאחר הסיור: "התלמידים ניכרו בדרך ארץ שקדמה לתורה ובהבנה מעמיקה של הסוגיות", אומר הרב יוסף ניאזוף. "ראינו בחוש את פירות ההשקעה של צוות הישיבה בראשותו של הרב הגאון רבי אייל עמרמרי שליט"א, אשר יום יום קובע את תפילות בישיבה ומוסר שיחות מוסר לגדל את בני התורה ביראה ובחכמה", הוסיף. "התלמידים הפגינו ידיעות מרשימות בעיון בסוגיות הנלמדות ובבקיאות רחבה במסכת הנלמדת", ציין הרב ניאזוף. "נוכחנו לדעת שהישיבה בחסדי שמים נמצאת במגמה של עלייה הן באיכות התלמידים מטובי תלמודי התורה בעיר, והן מהרמה הגבוהה של הלימוד בישיבה".
הישיבה שוכנת כיום במבנה ארעי בשכונת הר חומה בירושלים. בהנהלת מוסדות 'כאייל תערוג', עמלים בימים אלו, להשלים את מלאכת בניין הבית, בית המדרש והפנימייה של הישיבה, שנבנו ברוב פאר והדר. בהנהלת המוסדות ציינו, כי הם עושים הכול, על מנת שכבר בחג החנוכה יוכלו לחגוג את חנוכת הבית של בית המדרש המפואר שבו יקבעו תלמידי הישיבה את מקום לימודם ותפילתם.
